菌种用于作为的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛

选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。

菌种筛选 

工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛，挑选具有某种能力的有用菌种。

菌种分离首先是从土壤或腐生植物中收集含菌样品，用无菌水稀释后，涂布于置有适宜细菌、放线菌或霉菌生长的

琼脂培养基平皿上，并将其倒置于恒温箱中，培养一定时间，平皿上长出的许多单个菌落（单一微生物的集落）经

分别分离后即为各种纯种菌株,简称纯种,移种至试管斜面上，置4℃冰箱备用。

根据不同的筛选目的，采用不同的筛选模型。如常规筛选抗生素产生菌的方法是将土壤中分离所得的纯种，在含有

琼脂培养基的平皿上培养后，用打孔器将菌块移至含有试验菌的琼脂培养基上，在适宜的温度下培养一定时间后取

出，如在菌块的周围有透明的抑菌圈，则表明此菌种具有产生抑制试验菌生长的抗菌物质的能力。所得菌种经过摇

瓶液体发酵，测定发酵液或菌丝体内抗生素的含量，选出生产能力高的菌种。另一方面对所提取的抗生素进行结构

分析、药理试验及临床试验等，确为有效者，即可作为生产菌种。又如筛选脂肪酶生产菌种的方法是将分离所得的

霉菌涂布于含有牛脂的琼脂培养基上，恒温培养一定时间，如菌落周围出现透明圈的，则该菌具有分解脂肪的能

力，进一步作摇瓶发酵测定酶活力，挑选产量高者作生产菌种的出发菌株。

菌种改良 

即采用遗传育种的方法，使野生型菌株(从自然界分离筛选而得的出发菌株)的遗传因子 DNA发生突变、重组，从而

从中选出产量高、成品质量好或具有新的培养特性如耐产物抑制、能利用廉价原料以及具有生产新品种能力的优良

菌种。采用的方法有诱变育种、杂交育种、和。诱变育种是利用诱变因子如紫外线、钴－60、乙烯亚胺类等物理或

化学诱变剂处理生产菌株的单孢子悬浮液，以获得诱发突变株。随后进行突变株的筛选，从中筛选高产菌株。由于

随机的突变群体中，有益突变所占比例很低，要获得高产突变株进行大量筛选。近年来，随着发酵代谢控制研究的

发展,可根据生物合成途径中的反应点,并通过它们的改变以提高产率或其他特性，如选育抗产物反馈抑制的突变

株、增加细胞透性的突变株及营养缺陷型的突变株等。这种“理性筛选法”广泛应用于氨基酸产生菌的选育。

也称种子制备，是指菌种在一定条件下，经过扩大培养成为具有一定数量和质量的纯生产菌种的制备过程。以作接

入发酵罐中进一步扩大菌体量及合成产物之用。种子制备包括孢子制备和菌丝体制备（见图[菌种制备流程]菌种制

备流程），其中(1)～(4)为孢子制备过程。

保存在沙土管或冷冻管中的生产菌种，用无菌手续挑取少许，接入琼脂斜面培养基上，在25℃（或较高温度）下培

养5～7天(或较长时间)。所得孢子还需进一步用较大表面积的固体培养基以获得更多孢子，对于霉菌类孢子制备，

多数采用大米、小米之类的天然培养基。将培养成熟的斜面孢子制成悬浮液，接种到扁瓶固体培养基上，于25～

28℃培养14天。将成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10％以下，并放入 4℃冰箱中备用。

一次制得的孢子瓶可在生产上延续使用半年左右。放线菌孢子的培养基大多是采用麸皮或豌豆浸出液、牛肉膏及无

机盐与琼脂制成的。将斜面孢子接入扩大的扁瓶孢子培养基中,于28～37℃培养5～14天。

所获得的大量孢子可直接作为种子罐的种子。如果有些生产菌种不产孢子，如赤霉素产生菌或产孢子不多的,则可采

用摇瓶体培养制得菌丝体，作种子罐的种子。种子罐的目的是使接入有限的孢子或菌丝体迅速发芽、生长、繁殖成

大量菌体。其中的培养基组分应是易于被菌体利用的碳源（如葡萄糖）和氮源（如玉米浆等）,及无机盐(如磷酸盐)

等。作为发酵罐(7)的种子应是生命力旺盛、染色深、菌丝粗壮,无杂菌及异常菌体接种量一般在10％～20％。