在气温和水温变化较大的季节，大菱鲆工厂化养殖中常见并且危害大的疾病是腹水病和肠炎病，每年的春季（3-5月份）、秋季（10-12月份）都是高发季节。
大菱鲆的肠炎病经研究是由大菱鲆弧菌和溶藻胶弧菌感染所引起，但如果是在水质条件良好的养殖环境、摄食正常的餌料时很少发病。从长期的工厂化养殖大菱鲆观察发现，大菱鲆养殖过程中腹水病和肠炎病的发生主要是因为长期处于应激状态，从而导致其摄食发生变化，长时间的摄食变化就导致了病害的发生。

相关症状：
肠炎病：厌食、腹部干瘪，挤压腹部可见白便从肛门流出，有时肛门处拖带粘稠的黄白色粪便，发病时池底经常会发现黄白色条状物。
腹水病：腹部胀满，鱼的腹部像充满气的皮球，用手触摸时很硬，肛门红肿外翻，严重时有肠道溢出的症状，发病的鱼不集群、不摄食。 

 1、做好预防工作
养殖中的预防工作非常重要，做好有效的预防工作可以大大降低养殖病害的发生，就成本而言也相对较低，一旦病害发生，出现死亡情况，这时造成的损失一般都比较大。养殖期间定时观察鱼体、粪便，改善养殖环境，增强抗应激能力，减少由天气变化、换水、换料等因素引起的应激反应，降低养殖风险,改善饵料系数。

2、减少应激反应
在工厂化养殖大菱鲆的过程中，出现应激反应是不可避免的，如下雨天的雷声、噪音、育苗的分池倒池、养殖水体的浑浊、饵料的转换等情况都有可能对大菱鲆养殖有刺激作用，而较长时间、连续的刺激对养殖的大菱鲆摄食影响较大。
在平时的养殖中投饵量一般控制在七、八分饱，如果受到长时间的应激刺激时，一般控制在四五分饱，这样对鱼体和养殖环境都有利。同时，促进能量代谢，能通过改善ATP/ADP循环,提高能量储备，满足水产动物应激期间的特殊需要。

3、注意投喂摄食
一定要选择新鲜饵料投喂，但是在长时间不正常摄食的状态下机体对病害的抵抗力是很弱的，并且养殖环境的剧烈变化也很容易收到病菌的侵人，病菌往往通过伤口、鱼鰓、饵料等途径人侵鱼体。这时应拌料投喂促进肠道细胞再生和修复，肠道增粗，肠壁增厚，控制肠道炎症发生。丁酸梭菌代谢产物的多种酶可以有效降解饲料中的抗营养因子，提高饲料的消化和吸收。

4、弧菌致病菌
弧菌等病原菌在肠道中大量繁殖，会引起消化道发炎而导致病变，引发肠炎。在改善养殖环境的同时，应及时通过外泼、内服有效预防和减少水体及水生动物体内的弧菌，使未染病的保持健康，发病但仍吃料的逐渐恢复。